व्यवस्थापन विभागले प्रतिष्ठानको दैनिक कार्यालय प्रशासन, कर्मचारी प्रशासन, व्यवस्थापन र सञ्चारको समन्वय एवम् सञ्चालन गर्दछ। यस विभागको अर्को महत्त्वपूर्ण कार्य प्रतिष्ठान विकास समितिको सचिव तथा सचिवालयको रूपमा काम गर्नु पनि हो। त्यसैगरी, छुट्टै एकाइ मार्फत वित्तीय व्यवस्थापनको रेखदेख पनि यस विभागले गर्दछ। प्रतिष्ठानले आयोजना गर्ने अनुसन्धान र ज्ञानव्यवस्थापनसम्बन्धी सम्पूर्ण कामको सहजीकरण गर्नु व्यवस्थापन विभागको अर्को जिम्मेवारी हो।
यसका अतिरिक्त, यस विभागले वार्षिक कार्ययोजना निर्माणको संयोजन गर्ने, आवधिक प्रगति प्रतिवेदनको निर्माण गर्ने तथा प्रशासनिक र वित्तीय विषयको सहजीकरणका लागि प्रधानमन्त्री तथा मन्त्रिपरिषद्को कार्यालय र सम्बन्धित अन्य मन्त्रलायहरूसँग समन्वय गर्दछ।अन्य परम्परागत संस्थाको व्यवस्थापनभन्दा फरक कार्यशैली तथा कार्यादेश भएको यो विभाग कार्यालय प्रबन्धकको नेतृत्वमा लेखा अधिकृत, सहप्रबन्धक(शाखा अधिकृत), वरिष्ठ सहायक, सवारी चालक र कार्यालय सहायकहरू मार्फत परिचालित हुन्छ।